纳税人通过“确认勾选”模块对当月已勾选的发票信息进行确认操作，每个月只能执行一次，一旦确认成功，则视为当月的最终勾选结果，不再允许撤销或补充勾选发票，相关勾选保存和批量勾选操作功能按钮将自动锁定和屏蔽，相关功能需在次月1日方可再次使用。
 
　　（一）点击”确认勾选“菜单，系统会自动连接税务端后台系统实时统计出本月已勾选的发票汇总情况
 
　　如果已勾选的发票中还包括作废、红冲、失控等异常发票状态的发票信息，在汇总表格中会分行依次显示出变为异常状态的发票汇总信息，其中状态为异常的发票信息不可以在次月征收期内进行申报抵扣（或退税）。
 
　　（二）如果确认次月征收期内要申报抵扣（或退税）的所有发票均已完成勾选，则点击“确定”按钮，系统出现如下提示，如果确认无误则点击”确定“按钮。
 
　　（三）系统自动弹出如下提示，直接点击”确定“按钮即可返回主页面（不点击确定按钮，则1秒后系统自动返回主页面）。
 
　　（四）在当月勾选确认操作成功执行完成后，系统主页面中对应月份的卡片将变为绿色已确认的状态。

　　（五）当月勾选确认操作完成后，勾选确认功能菜单即自动锁定不可再重复进入，如果在此点击勾选确认菜单，则系统自动跳至上面第3步的提示窗口，并返回主页面。
 
　　四、确认查询
 
　　纳税人选择勾选月份，然后点击“查询”按钮，系统即可查询出指定月份中发票状态为正常的勾选确认汇总记录。
　　
　　次月申报时，纳税人填报增值税纳税申报表的方法保持不变，即当期申报抵扣的增值税发票数据，仍填报在《增值税纳税申报表附列资料（二）》第2栏“其中：本期认证相符且本期申报抵扣”的对应栏次中。