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重庆市财政局设25个职能处室：办公室、研究室、综合处、法规处、税政处、预算处、国库处、政府采购处、行政政法处、教科文处、行政事业单位国有资产管理处（重庆市国有文化资产管理领导小组办公室、重庆市罚没财物管理办公室）、经济建设处、农业处（重庆市农村综合改革工作办公室）、基层财政处、社会保障处、产业发展处、公用事业处、金融处、政府债务管理处（重庆市政府主权外债管理办公室）、会计处(重庆市会计专业技术资格考试办公室)、监督检查处、人事教育处、机关党委办公室、离退休人员工作处、监察室。局属事业单位10个：预算编审中心、财政预算绩效管理中心、重庆市财政国库支付中心、重庆市财政局非税收入征收管理中心、重庆市财政收支管理服务中心、重庆市财政局后勤服务中心、重庆财政学校、重庆市中华会计函授学校、重庆市注册会计师服务中心、重庆市财政预算评审中心。

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